Fala ai Valdney, tudo bem? O impacto ainda é muito alto, basicamente apenas os indexadores da Google que sabem lidar com SPA (JavaScript) e as vezes acaba não lidando muito tempo podendo ter efeitos colaterais não desejáveis ou esperados.
Minha recomendação seria que se o SEO é importante para vocês, então descartem a possibilidade de utilizar SPA's e tentem utilizar aplicações SSR (Server side rendering).
Existem frameworks bem famosos e robustos para isso, por exemplo: Gatsby, Next, Nuxt, Sapper, etc...
Espero ter ajudado.