Para retirar os parênteses do comando document.write basta transformar a soma das idades em uma nova variável.
Desta forma o código fica:
<meta charset="UTF-8">
<script>
var idadeLinda = 12;
var idadeGuaraciara = 15;
var idadePerola = 13;
var totalIdades = idadePerola + idadeGuaraciara + idadeLinda
document.write( totalIdades / 3);
</script>