Ao tentar utilizar o num:3 o MongoDB retornou que deveria utilizar o operador $limit. Resolvi deixar aqui o código com a solução caso mais alguém precise.
db.alunos.aggregate([
{
$geoNear : {
near : {
coordinates: [-23.5640265, -46.6527128],
type: "Point"
},
distanceField: "distancia.calculada",
spherical: true,
}
},
{ $limit : 3}
])