Busquei o que o game over retornava quando era reconhecido no recognition e fiz uma condição ante de todas outras condições da função verificaChute.
if(chute ==='Game Over.'){
gameOver()
} else if (naoNumero(numero)) {
elementoChute.innerHTML += `<div>Valor inválido</div>
<button id="jogar-novamente" class="btn-jogar">Jogar novamente</button>`
}
function gameOver() {
document.body.classList.add("game_over")
document.body.innerHTML = `<h2>Game over!</h2>
<h3>O número secreto era ${numeroSecreto}.</h3>
<button id="jogar-novamente" class="btn-jogar">Jogar novamente?</button>`
}
.game_over {
background-color: var(--gover-color);
}