Para sinalizar o pulo de linha em um comando, o código deveria ser escrito assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39) + ("<br>"));
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20) + ("<br>"));
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
</script>