De acordo com o código exemplificado, é possível verificar que há um equivoco. A tag h1 faz parte do HTML, logo ela deveria ser escrita fora da tag script, a qual faz referência a linguagem JavaScript, e o comando alert, que faz parte da linguagem JavaScript deve ficar dentro da tag script.
O código correto seria:
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>