Fui logo realizando antes de ver a aula, eu não sabia ainda que o prompt entendia como texto o que recebia. De alguma forma meu código rodou certo, com a solução correta, sem usar o parseInt, alguém sabe o porquê:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }

    function mostra (frase) {

    document.write(frase);
    pulaLinha();
}

var vitorias = prompt("Entre com o número de vitórias")
var empates = prompt("Entre com o número de empates")


    function calculaPontos (vitorias, empates) {

        var somaPontos = (vitorias *3 + empates *1)
        return somaPontos
    }

mostra("O número de pontos que seu time está atualmente é " + calculaPontos(vitorias, empates))


</script>