Olá, pessoal.
Iniciei recentemente o curso de Rails, e encontrei o mesmo problema com a instalação do sqlite3 descrito em outros tópicos. Após alguma frustração, tentei desinstalar tudo e recomeçar o processo, desta vez instalando a versão mais atualizada do kit de desenvolvimento (2.7.2, atualmente).
Aparentemente, o problema era causado pelas keys incluídas no kit antigo, que agora estão inválidas. Não encontrei problemas fazendo a instalação do sqlite3 com a versão nova do kit, por isso, gostaria de sugerir que o link para download na página do curso seja atualizado, com uma manutenção de tempos em tempos, a fim de evitar essa dor de cabeça para futuros alunos.