Quebrei um pouco a cabeça, não entendi muito bem a necessidade de usar o "AS" para especificar o ALIAS da SUBCONSULTA e não só deixar apenas o "X" sozinho.
SELECT X.CPF, X.COUNT FROM (SELECT CPF, COUNT(*) FROM notas_fiscais
WHERE YEAR(DATA_VENDA) = 2016 GROUP BY CPF) AS X WHERE X.COUNT >=2000;