Solução

Olá pessoal, em minha solução eu adicionei uma outra frase com o resultado do meu novo "if". E eu utilizei "console.log(numeroPensado)" para verificar qual foi o numero sorteado pelo programa.

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<script>

    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {

        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function sorteia(n){
        return Math.round(Math.random() * n);
    }

    // var numeroPensado = Math.round(Math.random() * 100);
    var numeroPensado = sorteia(100);
    console.log(numeroPensado);

    var chute = parseInt(prompt("Já pensei. Qual você acha que é?"));

    if(chute == numeroPensado) {

        mostra("Uau! Você acertou, pois eu pensei no " + numeroPensado);
    } else {

        mostra("Você errou! Eu tinha pensado no " + numeroPensado);
        if(chute>numeroPensado){
            mostra("O numero " + chute + " que voce chutou era maior do que o escolhido pelo programa.");
        } else {
            mostra("O numero " + chute + " que voce chutou era menor do que o escolhido pelo programa.");
        }
    }
</script>