Olá Lucas,
O fato de ser multiplataforma implica que você terá um único código atendendo a ambas plataformas, Android e iOS.
O Cupertino e o Material Design são bibliotecas relacionadas ao design da interface e você pode ter uma aplicação sendo executada no iOS utilizando um design no padrão do Android.
Concordo contigo que não é o ideal, ou seja, o ideal é realmente termos aplicações para iOS utilizando o Cupertino e para Android utilizando o Material Design.
O Balta tem um curso gratuito com uma forma de contornar isso. Não é a solução ideal, mas é uma das melhores diante dos recursos fornecidos pelo Flutter.
https://balta.io/cursos/flutter-apps-imc-material-cupertino-bloc