Ola Lucas.
O readLine le linha por linha dos caracteres até o final ou até encontrar um "\n", conforme descrito na doc https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/io/BufferedReader.html#readLine--. E caso não tenha mais linhas, ele retorna null indicando que acabou a leitura do buffer. Qualquer tentativa de leitura proxima neste mesmo buffer resultará null.
Existe uma combinação dos métodos mark e reset que poderia faze-lo voltar denovo o buffer ao inicio, mas não dependendo do tamanho do arquivo pode não ser preciso. Após o final do arquivo, tenta fechar o buffer com o método close e logo depois recria-lo
in = new BufferedReader(isr);