Oi Lucas
O Javascript e a maioria das linguagens trabalham com decimais utilizando ponto, no padrão inglês.
Para resolver isso você pode substituir o ponto por vírgula ou o contrário utilizando uma função que chama replace, mas lembre-se que a conta matemática é feita somente com o ponto, assim você deve sempre converter para o ponto, fazer o cálculo e depois fazer a conversão visual para o padrão do Brasil. Aqui está um exemplo:
<script>
var valor = prompt('Informe um número, pode ser com vírgula ou com ponto.');
// Independente do valor com vírgula ou com ponto sempre estou buscando por uma vírgula e substituindo por ponto.
var novoValor = parseFloat(valor.replace(',', '.'));
alert('Aqui está o novo valor: ' + novoValor);
alert(
'Estou agora convertendo o ponto para ficar no padrão brasileiro: ' +
novoValor.toString().replace('.', ',')
);
</script>