Solucionado
Estou tendo o seguinte problema, quando instalo algum modulo em um projeto node ele instala um monte de pacotes junto, por exemplo quando eu instalei o gulp ele não ficou apenas com a pasta gulp como do exemplo.
Sobre minha infra: Mac, S.O. Sierra Node 7.3.0 (Instalado pelo instalador e não pelo brew)
Opa, não é um problema. É por conta da versão do npm :). Na versão 3 para cima, ele instala os módulos de maneira diferente da 2, para tentar minimizar conflitos. Dá uma olhada aqui => https://docs.npmjs.com/how-npm-works/npm3