Olá Gibran, tudo bem sim e com você? Espero que esteja gostando do curso até agora! Vamos às suas dúvidas:
O método atualizar pode estar na classe da entidade, mas isso não é uma boa prática. O ideal é que você crie uma classe de serviço (ou de negócio) para realizar as operações de atualização, inserção, exclusão, etc. Isso ajuda a separar as responsabilidades das classes e torna o código mais organizado e fácil de dar manutenção. O professor pode ter feito assim para simplificar a aula, mas é importante que você entenda a melhor prática.
Você está correto, não é uma boa prática fazer as validações de nulidade dos campos no corpo do método. Uma sugestão é utilizar as anotações de validação do Spring, como @NotNull, @NotEmpty, @NotBlank, etc. Isso ajuda a deixar o código mais limpo e legível, além de facilitar a manutenção.
Espero ter ajudado e bons estudos!