Sobre estrutura do código

Boa tarde professor, tudo bem?

Professor quero saber qual melhor método de estrutura para o código, minha dúvida é se as funções ficam na parte superior ou se vou acrescentando elas conforme a necessidade delas no meu código. Montei três estruturas, gostaria de saber qual delas é melhor, por favor

<script>

    function verifica(){

        var acertouNumero = false;

        for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++){

            if(input.value == segredos[posicao]){

                alert("Você ACERTOU!");
                acertouNumero = true;
                break;
            }
        }

                if(acertouNumero == false){

                    alert("Você ERROU!!!");
                }

            input.value = "";
            input.focus();
    }

    alert("Adivinhe o número que guardo");

    var segredos = [4,7,8];

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    var button = document.querySelector("button");

    button.onclick = verifica;

</script>

//Nessa estrutura eu coloquei a função na parte superior do código, para ficar separado das minhas variáveis

<script>

    alert("Adivinhe o número que guardo");

    var segredos = [4,7,8];

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    function verifica(){

        var acertouNumero = false;

        for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++){

            if(input.value == segredos[posicao]){

                alert("Você ACERTOU!");
                acertouNumero = true;
                break;
            }
        }

                if(acertouNumero == false){

                    alert("Você ERROU!!!");
                }

            input.value = "";
            input.focus();
    }

    var button = document.querySelector("button");

    button.onclick = verifica;

</script>

//Nessa estrutura, está como vc passou na aula "Armazenando muitos dados"

e por fim

<script>

    alert("Adivinhe o número que guardo");

    var segredos = [4,7,8];

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    var button = document.querySelector("button");

    function verifica(){

        var acertouNumero = false;

        for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++){

            if(input.value == segredos[posicao]){

                alert("Você ACERTOU!");
                acertouNumero = true;
                break;
            }
        }

                if(acertouNumero == false){

                    alert("Você ERROU!!!");
                }

            input.value = "";
            input.focus();
    }

    button.onclick = verifica;

</script>

//Essa estrutura montei conforme a necessidade do código, primeiro um campo de texto, depois um botão, depois a lógica pra funcionar o botão

Professor me ajuda a entender a melhor estrutura pra ser montada no código por favor, muito obrigado!