Só para complementar a resposta do colega Daniel, eu já tive (e ainda tenho às vezes) dificuldade com alguns comandos no NPM, só que pra mim funcionou melhor ler a documentação no próprio terminal do que a documentação na página do NPM https://docs.npmjs.com/
Se você digitar no seu terminal o comando npm help
ele vai lhe dar uma visão geral sobre os comandos do npm e mostrar como consultar uma documentaçao mais específica sobre algum comando. Ele vai sugerir os comandos npm <command> -h
e npm help <term>
por exemplo.
Então se você digitar npm init -h
que seria o comando init sobre o qual você tem dúvidas, ele vai mostrar um breve uso do comando junto com as "Options" possíveis, na qual entra o "-y" que você tem dúvida e para que ele serve no comando. Já se você digitar npm help init
ele vai abrir uma documentação mais completa mas que pode ser mais confuso a depender, vale a pena explorar os dois.
Explorando comandos dessa forma você vai perceber que alguns comandos possuem mais Options (que o pessoal também chama de flags) que outros. No comando npm install
por exemplo, você tem disponível as flags -D e -g, por exemplo, que no comando npm init
não existem. Espero ter ajudado um pouco. Abraço!