Bom dia Natalia. Tudo bem ^^
Com certeza existe uma certa diferença visual entre o que vemos no monitor e no impresso, principalmente se você trabalhar em um monitor que não está calibrado para o tipo de trabalho.
Mas os softwares hoje possuem uma variação enorme de perfil de cores que representa da maneira mais fiél possível as cores entre dispositivos diferentes. Controlando a quantidade de "tinta em cada cor" quando se trabalhando com CMYK e intensidade e formas de luz quando com RGB.
Então apesar da sua observação ser correta por que são mídias diferentes, a diferença não será tão significativa ao ponto de perder a identidade do material produzido, pois a pantone é uma cor já definida uma mistura pré-feita que gera uma cor exata para impressão.
Enquanto a CMYK são cores que juntando a quantidade certa de tinta vai formar uma cor final e pode haver variação neste processo. Por isso a diferença entre a CMYK e PANTONE podem ser maiores do que a diferença entre monitor e impresso.
Espero ter ajudado ^^
Um abraço e bons estudos