Se ao fazer a Reverse Engineer o diagrama não mostrar as relações entre suas tabelas, provavelmente é devido à Engine que não está permitindo. Experimente clicar com o botão direito sobre uma tabela, selecionar a opção "Alter Table..." e mudar a Engine, ou usar o código ALTER TABLE nome_da_tabela ENGINE = InnoDB; Depois basta reexecutar os comandos que geram as FK e suas relações devem aparecer normalmente.
Como o professor falou, a MyISAM é mais usada em tabelas estáticas, enquanto a InnoDB é melhor para tabelas que têm FK.
