Só consegui fazer o exercício definido a quantidade de posições do Array, dentro da classe Empresa:
Funcionario[] funcionario = new Funcionario[10];
Como o código funcionou no exemplo, abaixo?
class Empresa {
Funcionario[] empregados;
String cnpj;
int livre = 0;
void adiciona(Funcionario f) {
this.empregados[this.livre] = f;
this.livre++;
}
}