Eu setei a JAVA_HOME usando o comando
setx JAVA_HOME "diretorio" /M
Quando fui no Cmder verificar, ele me voltou este resultado com uma "a mais no final e um /M que não era para estar ali... uso Windows 10
C:\Users\Eduardo Fiuza {git}
{lamb} echo %JAVA_HOME%
C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_111" /M