Solucionado
Uma dúvida, quando tento acessar localhost:8080/gerenciado/novaEmpresa me retorna um erro dizendo que o método GET não é suportado nessa URI, na minha servlet novaEmpresa eu implementei o método doPost, isso quer dizer que só consigo acessar a novaEmpresa através do index.html por ter implementado o method="POST", pois quando eu digito localhost:8080/gerenciado/novaEmpresa eu mando o método doGet na requisição invés de doPost? É isso mesmo?
Isso mesmo. Como você substituiu o método doGet por um doPost, ele irá reclamar ao você acessar a página por um GET, pois digitar localhost:8080/gerenciado/novaEmpresa é por GET mesmo.
Para você ter uma idéia, se além do doPost você implementar um doGet em BuscaEmpresa que imprima uma página de teste, ao acessar diretamente pela URI, não terá mais esse erro e será exibida a página de teste.