Faltou saber qual é o equivalente ao "OU" para colocar as outras possibilidades de escrita do usuário, mas se seguir as instruções do alert funciona de boas.
<meta charset="utf-8">
<script>
function pulaLinha(){
document.write("<br>");
}
function mostra(frase){
document.write(frase);
pulaLinha;
}
var idade = parseInt(prompt("Qual é sua idade?"));
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Responda S ou N");
if (idade<18) {
if(temCarteira=="S"){
alert("NÃO TENTA ME ENGANAR QUE VAI FICAR FEIO PRA VOCÊ!");
mostra("Éééé, com essa idade você ainda não pode ter carteira de motorista, nem tente me enganar.");
}else{
mostra("Tudo certo, quando for maior de idade você tira.");}
}
if(idade>=18){
if(temCarteira=="S"){
mostra("Booaaaa");
}else{
mostra("Pq não tira logo ?");
}
}
</script>