Olá Luiz, tudo bem com você? Espero que sim!
Peço desculpas pela demora em lhe trazer uma resposta.
Certo, varias coisas podem estar fazendo isso acontecer e vou lista-las:
No momento em que você realizou o git add . ou git add ‘Nome do arquivo’ você acabou se equivocando e adicionando os demais arquivos que você havia comentado que não deviam estar lá;
Você poderia está fazendo e upando essas alterações em uma branch diferente em que você estava desenvolvendo assim poderia estar ocasionado essa confusão de arquivos;
E por fim com base no comando que você pontou sendo o possível causador do problema git remote set-url origin git://suaUrl , ele vai estar simplesmente alterando o repositório em que o projeto local vai ser upado quando for realizado o push. Então o erro pode estar dentro da sua configuração do git dentro do seu projeto, então para que eu entenda melhor a situação você teria que compartilhar o seu arquivo de projeto.
Espero que eu tenha lhe ajudado, caso ainda lhe restam dúvidas estarei a sua disposição. Abraços e bons estudos!
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