Solucionado
Olá, apesar de já haver alguns tópicos a respeito, não consegui resolver o problema.
No meu caso consigo selecionar os hexágonos da parte de cima, mas os da parte de baixo não são selecionáveis.
Segue a imagem: http://tinypic.com/r/30a76kz/9
Desde já agradeço.
RESOLVIDO: Existiam duas camadas por cima dos Hexágonos. Ao excluir essas camadas tudo ficou acessível.
hoje, com a Alura e o Google Gemini
Ótimo que conseguiu Samuel!
Boa Samuel isso que eu ia sugerir, dá pra notar essa camada (que é criada automaticamente pelo after em certas versões quando você importa para o illustrator), aí você consegue notar pela linha azul ao redor.