Solucionado
Olá, apesar de já haver alguns tópicos a respeito, não consegui resolver o problema.
No meu caso consigo selecionar os hexágonos da parte de cima, mas os da parte de baixo não são selecionáveis.
Segue a imagem: http://tinypic.com/r/30a76kz/9
Desde já agradeço.
RESOLVIDO: Existiam duas camadas por cima dos Hexágonos. Ao excluir essas camadas tudo ficou acessível.
Ótimo que conseguiu Samuel!
Boa Samuel isso que eu ia sugerir, dá pra notar essa camada (que é criada automaticamente pelo after em certas versões quando você importa para o illustrator), aí você consegue notar pela linha azul ao redor.