Coloquei o if para na verificação da idade já definir se a pessoa pode ou não dirigir. Se <18 já retorna a resposta "você não pode dirigir".
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var nome = prompt("Qual o seu nome?");
var idade = parseInt(prompt("Qual é sua idade?"));
if (idade >= 18) {
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Responda S ou N");
if (temCarteira.toUpperCase() == "S") {
mostra(nome + " você pode dirigir.")
} else{
mostra(nome + " você não pode dirigir.")
}
}else {
mostra(nome + " você não pode dirigir.")
}
</script>