Implementei um IF e alterei a ordem da pergunta sobre a habilitação.Apenas os usuarios maiores de idade serão questionados sobre a carteira.
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var idade = parseInt(prompt("Qual é sua idade?"));
if (idade <= 18){
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Responda S ou N");
if ( temCarteira == 'S'){
mostra('Pode dirigir!')
}else {
mostra('Motorista sem habilitação,Não pode dirigir!')
}
}else {
mostra('Não pode dirigir!')
}