Deu certo já, mas só pra avisar quem tiver com problema parecido: eu uso o ubuntu 12 (python 2.7) e entre outras coisas q fiz, acho que o que deu certo foi instalar com o apt-get mesmo: $ sudo apt-get install python-sklearn [ao invés de usar via pip (pip install scikit-learn) ]
vi aqui: https://stackoverflow.com/questions/25458468/problems-installing-scikit-learn-on-ubuntu-12-04
eu tbm tinha instalado o minoconda conforme comentado aqui, (https://conda.io/en/latest/miniconda.html), mas acho que o que deu certo mesmo foi instalar o python-sklearn via apt-get
