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Salvar informações do terminal em arquivo

Olá pessoal, estou com o seguinte problema: Necessito de executar um script de um programa, depois de executado, no terminal é exibido uma mensagem de sucesso ou erro. O problema é que não consegui capturar tal mensagem. Já tentei executar o comando com >> nomearquivo.txt e o arquivo ficou em branco. Minha dúvida é, por não ser um comando do linux, teria como capturar tais mensagens?

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De qual comando vc está se referindo? posta um print ou cópia do código utilizado que fica melhor de te ajudar.

Wendel, o comando que preciso pegar é do Openbabel, um software para converter arquivos quimicos. No caso digito no terminal Linux

obabel arquivoentrada.sdf -o arquivosaida.pdbqt. Nesse caso se deu certo, no terminal mostra que foi convertido e em caso de erro mostra o porque de não ser. Meu problema é que não estou conseguindo pegar este retorno do comando e salvar em arquivo e retornar para o usuário. Os do linux eu consigo, mas este especifico, não consegui.

No curso de Shell Scripting #1 aqui da Alura, vi um conteúdo opcional sobre redirecionar mensagens de erro, vou colar um pedaço aqui que pode lhe ser útil:

Os descritores de arquivos são indicadores utilizados para acessar um arquivo ou fluxos padrões como entrada, saída, e mensagens de erros. Esses fluxos padrões de entrada, saída e mensagens de erro podem ser acessados pelos descritores 0,1 e 2 respectivamente. (...) Uma vez que queremos redirecionar as mensagens de erro, devemos utilizar o descritor de arquivo 2. Para redirecionar essa saída para um arquivo, nós colocamos o símbolo de >. O trecho do código deverá ficar conforme abaixo:

converte_imagem 2>erros.txt

Verifica se funciona!