Oi Diego,
Exato, cada porta do roteador irá representar uma rede diferente, não posso ter por exemplo a porta 1 do roteador com endereço IP 192.168.1.1 e máscara 255.255.255.0 e a porta 2 do roteador 192.168.1.2 e máscara 255.255.255.0, porque os dois endereços IP são da mesma rede.
Os equipamentos conectados na porta do roteador precisam estar na mesma rede dessa porta do roteador. Se o equipamento de rede estiver conectado na porta do roteador e os dois estiverem em redes diferentes, a comunicação entre o equipamento e a porta do roteador não será estabelecida e consequentemente, o roteador não fará a comunicação com a outra rede.
Abs