No main.js
são as rotas do Angular (para indicar qual componente exibir para o usuário), já o app/routes/index.js
são as rotas do backend (que fornecem os dados para a aplicação Angular). Angular é uma SPA que consome dados do backend, no caso de uma API.
Se você criar um novo projeto Angular, só precisará se preocupar com o código de Angular que escreveu e não com a estrutura da API que foi data para você. Porém, se quiser aprender a criar suas próprias API há cursos na alura que ensinam isso em diversas linguagens.
Se você tivesse feito a API quem outra linguagem ou plataforma, sua app Angular não mudaria, pois se todos tiverem o mesmo endereço da api tudo continuará funcionando.
Sucesso e bom estudo meu aluno!