Retornando um valor específico

Olá, Rodrigo, tudo bem?

Apesar do seu programa estar mostrando na tela o número 20, você não está realmente utilizando a função funcaoQualquer. Se você fosse utilizá-la e mostrar o resultado do seu retorno, seu programa ficaria assim:

function pulaLinha() {
    document.write("<br>");
}

function mostraFrase(frase) {
    document.write(frase);
    pulaLinha();
}

function funcaoQualquer(n1, n2, n3) {
    return n2;
}

var n1 = 10;
var n2 = 20;
var n3 = 30;

var numeroRetornado = funcaoQualquer(n1, n2, n3);  // guardamos o valor do retorno da função "funcaoQualquer" na variável "numeroRetornado".

mostraFrase("O valor retornado é " + numeroRetornado + ".");  // mostramos na tela a variável "numeroRetornado".

Espero ter ajudado! Abraços e bons estudos :)