Olá Glaucia, tudo bem?
Primeiramente peço desculpas pela demora em responder.
Para pular mais de uma linha, basta acrescentar <br>
dentro das strings.
<meta charset="UTF-8">
<script>
//forma da Rita
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39) + "<br><br>");
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20) + "<br><br>");
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
//forma do Fugêncio
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39));
document.write("<br>");
document.write("<br>");
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20));
document.write("<br>");
document.write("<br>");
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
//mais uma forma
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39));
document.write("<br><br>");
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20));
document.write("<br><br>");
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
</script>
De todas as formas irá funcionar, a quantidade de linhas que você quer pular é a quantidade de <br>
que deverá ter.
Espero ter ajudado, em caso de dúvidas fique a vontade para perguntar. Bons estudos!