O erro está no if. Ele colocou somente 1 sinal de "=" que quer dizer que o primeiro valor está recebendo o valor da segunda variável. o certo seria colocar "==". Que nessa linguagem quer dizer "iqual". Segue o código certo.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>