Poderia utilizar elif após o primeiro if, ficando assim:
usuario = input("Informe o usuário do sistema!")
if(usuario == "Flávio"):
print("Seja bem-vindo Flávio!")
elif(usuario == "Douglas"):
print("Seja bem-vindo Douglas!")
elif(usuario == "Nico"):
print("Seja bem-vindo Nico")
else:
print("Usuário não identificado!")
Porém após pesquisar, vi que podemos simplificar o código, desta forma:
usuario = input("Informe o usuário do sistema!")
if(usuario == "Flávio" or usuario == "Douglas" or usuario == "Nico"):
print("Seja bem-vindo,",usuario,"!")
else:
print("Usuário não identificado!")