Resposta do código do químico

Oi José, como vai?

Ficou muito bom seu exercício. Mas acredito que tenha deixado passar um trecho do problema em que diz "para a segunda substância, ele fará um ajuste somando o número 2 com o valor lido", onde teríamos que atribuir o +2 no código, algo como quantidadeCarbono2 + 2;. De qualquer forma, o código foi bem estruturado, poderíamos também fazer a utilização do else. O código ficaria desta forma:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {
        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>

Espero ter ajudado.

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Abraços