Depois de muito bater a cabeça eu vi que dava pra por a condição dentro de outra condição, e ficou dessa forma.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
function sorteia(n) {
return sorteia = Math.round(Math.random() * 10);
}
var numeroPensado = sorteia(7);
var chute = parseInt(prompt("Digite seu chute:"));
if (chute == numeroPensado) {
mostra("Você acertou! o número pensado foi: " + numeroPensado);
}else{
if(chute > numeroPensado) {
mostra("Você errou! o número pensado é menor que " + chute);
}else{
mostra("Você errou! o número pensado é maior que " + chute);
}
}
</script>