Eu fiz umas mudanças, sei que é preciso seguir uma ordem de codigos e uma logica ate para quem for usar .
Parti do principio se ele for menor de idade, não teria sentindo pergunta se ele tem carteira e mesmo ele sendo de maior, ele poderia não ter carteira não sendo habilitado para dirigir.
Então a logica foi cria um condição para CNH caso ele tenha mais que 18 anos e certificar que o mesmo possui carteira.
** RESOLUÇÃO**
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var idade = parseInt(prompt("Qual é sua idade?"));
if(idade >= 18) {
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Responda S ou N");
}
if(temCarteira == "S") {
mostra("Pode dirigir");
} else {
mostra("Não pode dirigir");
}