Utilizei um if para fazer a verificação e depois chamei a funcão reiniciar para limpar os campos

function sortear(){
    let quantidade = parseInt(document.getElementById('quantidade').value);
    let de = parseInt(document.getElementById('de').value);
    let ate = parseInt(document.getElementById('ate').value);

    let sorteados = [];
    let numero;

    //proteção do valores inseridos
    if (de > ate) {
        alert(`O valor do numero inicial: ${de} é maior que o numero final ${ate}`);
        reiniciar();
        return;
    } 
    
    for (let i = 0; i < quantidade; i++) {
        numero = obterNumeroAleatorio(de, ate);
        while (sorteados.includes(numero)) {
            numero = obterNumeroAleatorio(de, ate);
        }
        sorteados.push(numero);
    }
    
    let resultado = document.getElementById('resultado');
    resultado.innerHTML = `<label class="texto__paragrafo">Números sorteados:  ${sorteados}</label>`;
    alterarStatusBotao();
}

function obterNumeroAleatorio(min, max) {
return Math.floor(Math.random() * (max - min + 1)) + min;
}

function alterarStatusBotao() {
let botao = document.getElementById('btn-reiniciar');
if (botao.classList.contains('container__botao-desabilitado')) {
    botao.classList.remove('container__botao-desabilitado');
    botao.classList.add('container__botao');
} else {
    botao.classList.remove('container__botao');
    botao.classList.add('container__botao-desabilitado');
}
}

function reiniciar() {
document.getElementById('quantidade').value = '';
document.getElementById('de').value = '';
document.getElementById('ate').value = '';
document.getElementById('resultado').innerHTML = '<label class="texto__paragrafo">Números sorteados:  nenhum até agora</label>';
alterarStatusBotao();
}