As duas formas são validas, a única diferença é que ela realizou o calculo dentro da própria função, o que também é valido, porem, na minha opinião acredito que a forma abaixo fica mais organizada aos olhos.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
}
function calculaImc(altura, peso) {
return peso / ( altura * altura );
}
var imcCalculado = calculaImc(1.63, 48);
mostra("O meu IMC é " + imcCalculado);
</script>