Oi Bruno,
O var contador = 1 nessa situação que é antes do for não está interferindo, já que o for precisa da variável de controle dentro dos parênteses, o que poderia ser feito para melhorar o código é remover o var contador = 1 antes do for e inserir a palavra reservada VAR no início da declaração dos parênteses do for:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
for(var contador = 1; contador <= 3; contador++) {
alert("Deixe-me entrar!");
}
</script>