O Babel no caso é para que seja possível utilizar imports no navegador. Utilizar Babel no servidor eu não vejo muito sentido já que você pode simplesmente atualizar a versão do Node e pronto.
De valer a pena usar, a resposta será sempre sim, isso por que você deixa de depender diretamente de um recurso implementado por uma ferramenta e passa a depender de uma especificação. A tendência futura eu acredito que seja utilizar normalmente o import, mas o require não pode ser naturalmente removido, visto que isso impactaria na quebra de muitas aplicações por ai.
No geral, o que muda de certa forma é que no import você tem uma flexibilidade extra na hora de importar os módulos e por enquanto, acho que você não deveria focar muito nisso. Apenas estar antenado nas novidades já é uma boa.
Você até me adiantou esse tópico interessante, que até então eu não havia percebido. Mas pelo que li, no node ainda não temos suporte ao import do ES6, mas já há usos dele nos navegadores, porém, com uso do Babel.