Reproduzi o codigo, mas gostaria de saber como faço para exibir(mostrar na saida) na pagina o imc com virgula na pagina HTML

Oi Alexandre, como você está?

Você pode utilizar o método replace que tem como intuito fazer a substituição de um caractere pelo outro, mas primeiramente, é necessário converter o número que está formato Number para String, já que o método replace funciona com Strings. Em código fica da seguinte forma:

imc = imc.toString();

document.write(nome + ", o seu IMC é " + imc.replace('.', ','));

Código completo:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {

        document.write(frase);
        pulaLinha();

    }

    function calculaImc(altura, peso) {

        return peso / (altura * altura);

    }

    var nome = prompt("Informe o seu nome");
    var alturaInformada = prompt("Informe a sua altura").replace(',', '.');
    var pesoInformado = prompt("Informe o seu peso").replace(',', '.');

    var imc = calculaImc(alturaInformada, pesoInformado);

    imc = imc.toString();

    document.write(nome + ", o seu IMC é " + imc.replace('.', ','));


</script>

Qualquer dúvida estou por aqui.

Abraços e bons estudos!