Eu pensava que para usar o pom.xml precisaria criar outro projeto como Maven Project, mas um amigo mostrou que dá pra aproveitar esse projeto:
No Eclipse: Clicar com o botão direito no projeto, Configure, Convert to Maven Project.
Vai ser gerado o arquivo pom.xml, basta abrir ele e logo antes da ultima tag de fechamento do project adicionar:
<dependencies>
<dependency>
<groupId>org.hibernate</groupId>
<artifactId>hibernate-entitymanager</artifactId>
<version>5.2.8.Final</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>mysql</groupId>
<artifactId>mysql-connector-java</artifactId>
<version>8.0.17</version>
</dependency>
</dependencies>
Pronto, já pode remover os jars da pasta lib e do Build Path.