Oi Rafael, tudo bom?

A ideia é que sigamos a regra de negocio para modelar o sistema. Acredito que no exemplo do curso não haja essa abertura. Se na sua aplicação houver, você pode escrever o setter.

nesse caso como poderia ser feito a correção sem o setValor do CNPJ?

Uma possivel forma é utilizar o construtor e reconstruir a instancia com os mesmos valores (id, nome, etc) e o cnpj alterado. Outra forma é utilizar reflection para alterar esse atributo. Falando de boas práticas acredito que a segunda abordagem não seja a melhor.

De qualquer forma, é comum que um sistema mude ao longo do tempo e que um atributo que não tinha setter passe a ter pois a regra de negocio mudou. Isso não é um problema =)

Qualquer duvida é só falar.

Abraço e bons estudos.

Muito obrigado André, entendi perfeitamente. Um abraço.