Boa tarde, Anderson! Tudo bem, cara? =)
Só para ver se entendi corretamente sua dúvida... Você quer saber onde, exatamente deveria ficar a regra de negócio numa aplicação, correto?
Pensando em um sistema que utiliza o MVC, cada sigla representa uma camada que deve ser bem definida. Como você mesmo mencionou, acredito que já deve conhecer um pouco sobre isso. Mas só para dar um overview rápido...
O V representa a camada de visualização. Acho que esse deve ser o mais fácil de se compreender e você não ter grandes problemas com ele. =)
O C é a camada dos controllers, ou seja, os "caras" responsáveis por controlar o fluxo da requisição. A ideia é que ele serve como um "roteador" de requests, chamando as diversas classes da camada M (modelo), para executarem as lógicas.
Ou seja, de forma resumida, o controller deve ficar responsável apenas por chamar as classes que vão executar as regras de negócio. E essas classes são exatamente aquelas encontradas na camada model. =)
E, mesmo assim, há diversas discussões sobre as diferentes divisões de responsabilidade entre suas classes... =|
Espero ter ajudado, mas qualquer dúvida, não deixe de postar por aqui... =)
Abraço e bons estudos,
Fábio