Fala, Rogério!
É bom lembrar que o Security Group é aplicado às instâncias, então no Security Group você libera o acesso ao SSH em todas as instâncias, porém, o ACL é aplicado às subnets. Quando você cria uma ACL e associa a uma subnet, essa subnet é desassociada da outra ACL que já estava criada. Então quando você adiciona as regras, liberando a porta 3306 e recusando o restante na nova ACL (onde o “banco de dados” está) esta alteração não é refletida na outra subnet onde as instâncias de apresentação estão.
Então no final fica assim:
Security Group:
- associado nas 3 instâncias
- liberando o SSH e acesso na porta 3306
ACL Default:
- com a subnet que contêm as instâncias de apresentação
- liberando todos os protocolos
ACL Nova:
- com a subnet que contêm a instância "Banco de Dados"
- permitindo apenas o acesso na porta 3306
- OBS: Apesar no Security Group liberar o SSH, essa ACL permite apenas o 3306
Caso fique ainda alguma dúvida só mandar aqui!