Oi Diego tudo bem?
Por padrão uma página web só tem um elemento com mesmo ID então ao pegar o ID você terá certeza que está pegando aquele elemento específico.
Agora ao pegar pela classe geralmente vem muita coisa, porque as classes são muito usadas para formatação de estilos. Então mesmo que hoje tenha por exemplo só um botão com essa classe, a chance da classe se repetir para aproveitar a formatação é bem grande e pode ser que dê problema na sua lógica.
Então, resumindo no dia a dia pegue um elemento por id se quer executar algo específico nele como um clique de um botão. Agora se quer fazer um estilo como pintar todo mundo de vermelho ao clicar ou esconder todo mundo aí pegue a classe.
Espero ter ajudado!!!