Olá, bom dia Rebecca =D
Essas linhas podem estar acontecendo por dois motivos:
1º dentro do seu pattern pode ser que exista essa separação minima entre um elemento e outro que não foi visto durante a criação por ser muito pequeno, (acho improvável ser o seu caso)
2º Quando você exporta o arquivo ele tende a calcular toda a imagem para conseguir transformar a imagem de .AI para JPG, PNG, PDF seja qual for o formato que você escolher, e nesse processo existe compressão e mudança na qualidade da imagem e isto pode gerar o que nós chamamos de artefatos na imagem, que no seu caso seria esta linha entre os padrões. (acredito que este seja o seu caso).
Para ajustar podemos tentar mudar a qualidade desta compressão, para que o software pense na imagem de uma forma melhor, tente exportar novamente e na janela que aparece para você salvar mude a configuração de ANTI-ALIAS para ART-OPTIMIZED;
Acho que isso deve solucionar o problema =D