Olá Beatriz, tudo bem?
Pelo que entendi, você deletou o TomCat sem querer e agora está com problemas para reconectá-lo ao seu projeto. O que está acontecendo é que os arquivos em vermelho na imagem que você postou estão indicando que eles foram removidos do projeto.
Para resolver esse problema, você pode tentar o seguinte: clique com o botão direito do mouse em cima do projeto e selecione a opção "Team" e depois "Commit". Na janela que abrir, marque a opção "Check All" e em seguida clique em "Commit and Push". Se tudo der certo, os arquivos em vermelho devem voltar a aparecer normalmente no seu projeto.
Caso isso não funcione, você pode tentar remover o projeto do TomCat e adicioná-lo novamente. Para fazer isso, basta clicar com o botão direito do mouse em cima do servidor na aba "Servers" e selecionar a opção "Remove". Em seguida, adicione o projeto novamente ao servidor clicando com o botão direito do mouse em cima do servidor e selecionando a opção "Add and Remove".
Espero ter ajudado e bons estudos!